巧克力囊腫并不存在自愈的方法。因為巧克力囊腫本身屬于雌激素依賴性疾病,并不會因為自己做什么,就能夠改變體內(nèi)的雌激素水平,就可以改變卵巢巧克力囊腫的狀態(tài)。育齡期女性只要卵巢還持續(xù)存在分泌雌激素的功能,就會有持續(xù)的卵巢巧克力囊腫體積增大的可能。如果檢查到卵巢囊腫的體積已經(jīng)比較大,一般是建議做腹腔鏡治療。否則有可能會因此而發(fā)生扭轉(zhuǎn)、破裂或者變性,或者對周圍組織壓迫等癥狀出現(xiàn)的可能。有少數(shù)體積很小的,可以等到絕經(jīng)后,自動萎縮。